以「重視生態保育、保護綠色地球」為訴求，全力推動生態保育與環保工作的台南縣生態保育學會，由於績效卓著，獲選「99年全國推動環保有功團體」特優獎，獲得環保署長沈世宏公開表揚並頒發10萬元獎金。
台南縣生態保育學會理事長邱仁武弘揚闡發，99年全國推動環保有功團體名單，台南縣生態保育學會是全國3個特優獎之一，也是南台灣獨一特優的推動環保有功團體。將把這個成果呈現給賴清德市長、副市長顏純左、環保局長張皇珍等。
台南縣生態保育學會獲獎成果有舉辦「2009生物多樣性、環境教誨」育樂營活動、「99生物多樣性、戀戀七股黑琵保育情」系列活動，每場次都排彙上千民眾參加，讓社區民眾熟谙全球暖化的嚴重性，以及強化社區對於環境教誨、生態保育的認識。
該學會主動發起一日志工淨灘活動，頻繁主辦「七股潟湖」淨灘活動、網子寮汕「2010淨灘護海岸」活動。還協助北門區6鄉鎮代替役男參與「七股潟湖淨灘」活動，回復河川、海灘潔淨。
95至99年連續舉辦志工培訓營活動，積極培訓導覽解說服務志工，協助台南地區黑面琵鷺及水雉等生態保育及觀光旅遊的導覽解說服務，並且宣導社區民眾推動環保標章產品，加強環保意識及環境教誨觀念。
學會舉辦「2010水雉、歷史、綠色地道」觀光鐵馬行活動，以及「99戀戀七股黑琵保育情」觀光鐵馬行活動，每場次排彙上千民眾參與，力行推動「節能減碳」留存化。
98及99年協助學甲鎮農會進行濕地生態園區的規劃及鳥類、動物棲地調查等，把荒涼并且偏遠的閒置河床農地，進行濕地規劃，還配合雜草割除、環境收拾整頓，作為可供生態觀光體驗的濕地，將在地資源結合產業文化作為環保生態旅遊地點。
98年協助北門鄉公所及代表會爭取擱淺的「台灣第2大、世界第4大」抹香鯨的標本留在北門故鄉，99年雲嘉南國家風景區北門遊客核心完工時，獲頒「鯨留北門」感謝匾額。
學會配合2008黑腹燕鷗保育季，在北門井仔腳地區舉辦「生態保育、節能減碳」樂趣闖關活動，排彙上千民眾參與。協助舉辦「2009走在‧家鄉海之濱」海岸環境保護活動，讓民眾熟谙海岸之美，並藉以進行沿岸淨灘，維護區域環境整潔。
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