台江國家公園99年10月起，與臺南市野鳥學會及臺南縣黑面琵鷺保育學會開始共同進行大臺南地區黑面琵鷺數量普查，每兩週1次，今年3月27日最新黑面琵鷺普查數量為732隻次，加之高雄茄萣地區10隻次，共742隻次。
推測今年黑面琵鷺來臺度冬數量減少概略或許起因包括：去年底至今歲首臺南地區氣溫較往年更低，東北季風偏強，黑面琵鷺選擇較易避冬的魚塭塭堤避風，使得調查更為困難。
别的黑面琵鷺擴散區域幅地廣闊，原有調查人員不足，無法片面調查到部門擴散的區域；漁民因經濟須要改變魚塭經營型態，導緻黑面琵鷺覓食棲地大批減少等。
台江國家公園打點處與特有生物保育核心將於4月7至9日，合辦「2011黑面琵鷺與邊境濕地保育國際研討會」，邀請環球關心黑面琵鷺保育的國家及地區，包括韓國、日本、香港、澳門、越南及國內各愛護黑面琵鷺保育團體，齊聚探討今年度冬數量減少之概略或許起因，並研商黑面琵鷺各項保育軌範與未來國際保育相助左袒。
針對目前各界認為最關鍵的覓食源不足之問題，台管處將與臺南大學相助，把持該校七股校區之81公頃西校區，於今年4、5月開始進行「傳統養殖漁業文化產業發展戰略及確保黑面琵鷺食源之生態養殖計畫」，預定實驗養殖面積約10餘公頃。
透過多樣性魚種之養殖實驗，記錄水質、植被相、魚隻成長現象及候鳥把持型態之變化等，除可於今年秋冬黑面琵鷺度冬期間供給覓食環境外，並將作為未來擴大經營打點此外棲地之告急參考，期匆匆緩解其覓食危機。
對於黑面琵鷺向外擴散的現象，台管處將於101年辦理黑面琵鷺無線電追蹤計畫，以期發現更多黑面琵鷺停棲位置，俾能更確實操作把持黑面琵鷺度冬族群數量。
針對新構成而族群穩定的黑面琵鷺新棲地，包括七股鹽田告急棲息地（俗稱頂山鹽田區域）、急水溪口等，將清查該地點3～6公裏內黑面琵鷺適合停棲的魚塭位置與巨細，創立監測資料庫，並對該區域水源及旱路系統通盤檢視，評估營造黑面琵鷺適合覓食環境的可行性，對於發現有穩定小族群停棲的衛星棲地，將積極協調相關單位共同維護，以利黑面琵鷺族群穩定。
現行臺灣西南邊境養殖環境因高經濟魚種養殖技術發展成熟，紛紛將原有對黑面琵鷺覓食不利的魚塭環境改變為高經濟產值，不利黑面琵鷺的魚塭型態的趨勢，建議農政單位研究能否於每年秋冬日節能以休魚補貼的體式款式，補助漁民願意在秋冬日節時，減少深水養殖魚塭面積，讓供給有雜魚魚塭給黑面琵鷺覓食的漁民，經濟領取的補貼，以經濟體式款式補償生態環境的改變，確保黑面琵鷺及候鳥覓食的環境。
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